PRIMERA RONDA
Como el combinado anfitrión se clasifica de forma automática, 53 equipos disputarán las tres rondas de que consta la fase de clasificación africana, en la que se decidirá el nombre de las cinco selecciones que acudirán a la cita de 2010 así como los participantes de la Copa Africana de Naciones de Angola. En la primera ronda, los diez conjuntos africanos peor clasificados en la Clasificación Mundial FIFA/Coca-Cola de julio de 2007 se enfrentarán en eliminatorias a dos partidos. Los encuentros de ida se disputarán el fin de semana del 13 de octubre de 2007, mientras que los de vuelta tendrán lugar el fin de semana del 17 de noviembre de 2007.

Emparejamientos:
Seychelles - Yibuti
Sierra Leona - Guinea-Bissáu
República Centroafricana - Santo Tomé y Príncipe
Somalia - Suazilandia
Madagascar - Comoras

SEGUNDA RONDA
Las cinco selecciones que salgan airosas de la primera ronda disputarán la segunda fase junto con las demás 43 asociaciones miembros (incluida Sudáfrica). Sudáfrica, ya clasificada para la Copa Mundial de la FIFA 2010 en calidad de anfitriona, participará en la fase de grupos, puesto que la competición será válida también para determinar los combinados que tomarán parte en la Copa Africana de Naciones. La selección sudafricana competirá en su grupo por el pase a la tercera ronda, pero los puntos que logre contarán sólo para la clasificación de la Copa Africana de Naciones, y no para la de la Copa Mundial de la FIFA.

Los 48 equipos se encuadrarán en doce grupos de cuatro selecciones y disputarán una liguilla a dos vueltas. Los campeones de grupo y los ocho mejores segundos accederán a la tercera ronda.

TERCERA RONDA
Estos 20 equipos se dividirán en cinco grupos de cuatro y disputarán una nueva liguilla a dos vueltas.

Los cinco campeones de grupo obtendrán la clasificación para la Copa Mundial de la FIFA Sudáfrica 2010.